| 指定温泉 | 県名 | 都市名 | 補足 |
| 芦別温泉 | 北海道 | 芦別市 | |
| 須川・真湯温泉 | 岩手県 | 一関市 | |
| 碁点温泉 | 山形県 | 村山市 | |
| 肘折温泉郷 | 山形県 | 最上郡大蔵村 | |
| 土湯・高湯温泉郷 | 福島県 | 福島市 | |
| 四万温泉 | 群馬県 | 吾妻郡中之条町 | |
| 湯宿・川古・法師温泉 | 群馬県 | 利根郡みなかみ町 | |
| 栃尾又・駒の湯温泉 | 新潟県 | 魚沼市 | 湯之谷温泉郷の一部 |
| 下部温泉 | 山梨県 | 南巨摩郡身延町 | |
| 丸子温泉郷 | 長野県 | 上田市 | 鹿教湯温泉、霊泉寺温泉、大塩温泉 |
| 美ヶ原温泉 | 長野県 | 松本市 | |
| 白川郷平瀬温泉 | 岐阜県 | 大野郡白川村 | |
| 十津川温泉郷 | 奈良県 | 吉野郡十津川村 | 湯泉地温泉、十津川温泉、上湯温泉 |
| 熊野本宮温泉郷 | 和歌山県 | 田辺市 | 湯の峰温泉、川湯温泉、渡瀬温泉 |
| 奥津温泉 | 岡山県 | 苫田郡鏡野町 | |
| 湯来・湯の山温泉 | 広島県 | 広島市 | |
| 俵山温泉 | 山口県 | 長門市 | |
| 三丘温泉 | 山口県 | 周南市 | |
| 古湯・熊の川温泉 | 佐賀県 | 佐賀市 | |
| 壱岐湯本温泉 | 長崎県 | 壱岐市 | |
| 湯の鶴温泉 | 熊本県 | 水俣市 | |
| 湯布院温泉 | 大分県 | 由布市 | 由布院温泉、湯平温泉、塚原温泉 |
| 鉄輪･明礬･柴石温泉 | 大分県 | 別府市 | 別府温泉・別府八湯のうちの三湯 |