| 指定温泉 | 県名 | 都市名 | 指定年月日 | 補足 |
| カルルス温泉 | 北海道 | 登別市 | 1957/09/27 | |
| 北湯沢温泉 | 北海道 | 伊達市 | 1957/09/27 | |
| ニセコ温泉郷 | 北海道 | 磯谷郡蘭越町 虻田郡ニセコ町 |
1958/11/01 | |
| 恵山温泉郷 | 北海道 | 函館市 | 1965/08/05 | 恵山温泉、水無海浜温泉 |
| 十勝岳温泉郷 | 北海道 | 空知郡上富良野町 | 1967/10/19 | |
| 然別峡温泉 | 北海道 | 河東郡鹿追町 | 1971/03/23 | |
| 芦別温泉 | 北海道 | 芦別市 | 1973/03/30 | |
| 雌阿寒温泉 | 北海道 | 足寄郡足寄町 | 1973/03/30 | |
| 湯ノ岱温泉 | 北海道 | 桧山郡上ノ国町 | 1974/03/30 | |
| 盃温泉 | 北海道 | 古宇郡泊村 | 1975/07/05 | |
| 貝取澗温泉 | 北海道 | 久遠郡せたな町 | 1976/03/27 | |
| 幕別温泉 | 北海道 | 中川郡幕別町 | 1977/05/31 | |
| ながぬま温泉 | 北海道 | 夕張郡長沼町 | 1988/07/01 | |
| 豊富温泉 | 北海道 | 天塩郡豊富町 | 1992/01/13 | |
| 洞爺・陽だまり温泉 | 北海道 | 洞爺湖町 | 1997/05/01 | |
| 酸ヶ湯温泉 | 青森県 | 青森市 | 1954/10/11 | |
| 薬研温泉 | 青森県 | むつ市 | 1971/03/23 | |
| 須川・真湯温泉 | 岩手県 | 一関市 | 1958/11/01 | |
| 八幡平温泉郷 | 岩手県 秋田県 |
八幡平市 仙北市 鹿角市 |
1959/09/03 | 藤七温泉、玉川温泉、後生掛温泉、蒸ノ湯温泉、大深温泉、大沼温泉 |
| 夏油温泉 | 岩手県 | 北上市 | 1965/08/05 | |
| 金田一温泉 | 岩手県 | 二戸市 | 1994/04/28 | |
| 奥鳴子・川渡温泉郷 | 宮城県 | 大崎市 | 1960/10/01 | 川渡温泉、中山平温泉、鬼首温泉 |
| 秋ノ宮温泉 | 秋田県 | 湯沢市 | 1978/03/31 | |
| 田沢湖高原温泉郷 | 秋田県 | 仙北市 | 1967/10/19 | 乳頭温泉郷、田沢湖高原温泉 |
| 銀山温泉 | 山形県 | 尾花沢市 | 1968/11/19 | |
| 碁点温泉 | 山形県 | 村山市 | 1985/03/19 | |
| 肘折温泉郷 | 山形県 | 最上郡大蔵村 | 1989/10/16 | |
| 湯田川温泉 | 山形県 | 鶴岡市 | 2001/11/13 | |
| 蔵王温泉 | 山形県 | 山形市 | 1958/11/01 | |
| 土湯・高湯温泉郷 | 福島県 | 福島市 | 1999/04/20 | |
| 岳温泉 | 福島県 | 二本松市 | 1955/08/24 | |
| 新甲子温泉 | 福島県 | 西白河郡西郷村 | 1963/04/19 | |
| 日光湯元温泉 | 栃木県 | 日光市 | 1954/10/11 | |
| 板室温泉 | 栃木県 | 那須塩原市 | 1971/03/23 | |
| 四万温泉 | 群馬県 | 吾妻郡中之条町 | 1954/10/11 | |
| 鹿沢温泉 | 群馬県 | 嬬恋村 | 1968/11/19 | |
| 上牧・奈女沢温泉 | 群馬県 | 利根郡みなかみ町 | 1979/03/27 | |
| 片品温泉郷 | 群馬県 | 片品村 | 1983/03/28 | |
| 湯宿・川古・法師温泉 | 群馬県 | みなかみ町 | 1999/04/20 | |
| 弥彦・岩室温泉 | 新潟県 | 西蒲原郡弥彦村 新潟市 |
1963/04/19 | |
| 六日町温泉 | 新潟県 | 南魚沼市 | 1964/06/08 | |
| 関・燕温泉 | 新潟県 | 妙高市 | 1972/07/29 | |
| 栃尾又・駒の湯温泉 | 新潟県 | 魚沼市 | 1979/03/27 | 湯之谷温泉郷の一部 |
| 下部温泉 | 山梨県 | 南巨摩郡身延町 | 1956/06/15 | |
| 増富温泉 | 山梨県 | 北杜市 | 1965/08/05 | |
| 丸子温泉郷 | 長野県 | 上田市 | 1956/06/15 | 鹿教湯温泉、霊泉寺温泉、大塩温泉 |
| 田澤・沓掛温泉 | 長野県 | 小県郡青木村 | 1970/03/24 | |
| 小谷温泉 | 長野県 | 北安曇郡小谷村 | 1971/03/23 | |
| 白骨温泉 | 長野県 | 松本市 | 1974/03/30 | |
| 有明・穂高温泉 | 長野県 | 安曇野市 | 1980/03/27 | |
| 美ヶ原温泉 | 長野県 | 松本市 | 1983/03/28 | |
| 沓野温泉 | 長野県 | 下高井郡山ノ内町 | 1991/04/16 | |
| 白山温泉郷 | 石川県 | 白山市 | 1961/04/01 | 手取温泉、新岩間温泉、白山一里野温泉、中宮温泉 |
| 平湯温泉 | 岐阜県 | 高山市 | 1964/06/08 | |
| 奥飛騨温泉郷 | 岐阜県 | 高山市 | 1968/11/19 | |
| 白川郷平瀬温泉 | 岐阜県 | 大野郡白川村 | 1980/03/27 | |
| 小坂温泉郷 | 岐阜県 | 下呂市 | 1983/03/28 | 濁河温泉、湯屋温泉、下島温泉 |
| 畑毛・奈古谷温泉 | 静岡県 | 伊豆の国市 田方郡函南町 |
1962/03/10 | |
| 湯ノ口温泉 | 三重県 | 熊野市 | 1997/05/01 | |
| 久美の浜温泉郷 | 京都府 | 京丹後市 | 1996/05/02 | |
| るり渓高原温泉 | 京都府 | 南丹市 | 2000/05/11 | |
| 浜坂温泉郷 | 兵庫県 | 美方郡新温泉町 | 1991/04/16 | 浜坂温泉、七釜温泉、二日市温泉 |
| 十津川温泉郷 | 奈良県 | 吉野郡十津川村 | 1985/03/19 | 湯泉地温泉、十津川温泉、上湯温泉 |
| 熊野本宮温泉郷 | 和歌山県 | 田辺市 | 1957/09/29 | 湯の峰温泉、川湯温泉、渡瀬温泉 |
| 龍神温泉 | 和歌山県 | 田辺市 | 1996/05/02 | |
| 鹿野・吉岡温泉 | 鳥取県 | 鳥取市 | 1966/07/22 | |
| 関金温泉 | 鳥取県 | 倉吉市 | 1970/03/24 | |
| 岩井温泉 | 鳥取県 | 岩美郡岩美町 | 1973/03/30 | |
| 三瓶温泉 | 島根県 | 大田市 | 1959/05/05 | |
| 鷺の湯温泉 | 島根県 | 安来市 | 1962/03/10 | |
| 湯原温泉 | 岡山県 | 真庭市 | 1956/06/15 | |
| 奥津温泉 | 岡山県 | 苫田郡鏡野町 | 1966/07/22 | |
| 湯来・湯の山温泉 | 広島県 | 広島市 | 1955/07/04 | |
| 矢野温泉 | 広島県 | 府中市 | 1972/07/29 | |
| 俵山温泉 | 山口県 | 長門市 | 1955/07/04 | |
| 三丘温泉 | 山口県 | 周南市 | 1961/04/01 | |
| 塩江温泉郷 | 香川県 | 高松市 | 2002/03/29 | |
| 湯ノ浦温泉 | 愛媛県 | 今治市 | 1994/04/28 | |
| 筑後川温泉 | 福岡県 | うきは市 | 1968/11/19 | |
| 吉井温泉 | 福岡県 | うきは市 | 1968/11/19 | |
| 古湯・熊の川温泉 | 佐賀県 | 佐賀市 | 1966/07/22 | |
| 雲仙温泉 | 長崎県 | 雲仙市 | ||
| 雲仙・小浜温泉 | 長崎県 | 雲仙市 | 1956/06/15 1962/03/10 |
1956/06/15に雲仙温泉が指定 1962/03/10に追加で小浜温泉が指定 |
| 壱岐湯本温泉 | 長崎県 | 壱岐市 | 1971/03/23 | |
| 天草下田温泉 | 熊本県 | 天草市 | 1963/04/19 | |
| 南小国温泉郷 | 熊本県 | 阿蘇郡南小国町 | 1964/06/08 | 黒川温泉、満願寺温泉、田の原温泉 |
| 湯の鶴温泉 | 熊本県 | 水俣市 | 1980/03/27 | |
| 湯布院温泉 | 大分県 | 由布市 | 1959/05/05 | 由布院温泉、湯平温泉、塚原温泉 |
| 長湯温泉 | 大分県 | 竹田市 | 1978/03/31 | |
| 鉄輪･明礬･柴石温泉 | 大分県 | 別府市 | 1985/03/19 | 別府温泉・別府八湯のうちの三湯 |
| 霧島温泉 | 鹿児島県 | 霧島市 | 1959/05/05 | 霧島温泉郷、霧島神宮温泉 |
| 隼人・新川渓谷温泉郷 | 鹿児島 | 霧島市 | 1967/10/19 | 塩浸温泉、日の出温泉、安楽温泉、新川温泉、妙見温泉、日当山温泉 |